در راستای اجرای ماده 42 قانون سازمان نظام پزشکی، مصوب ۲۵/۱/۱۳۸۳مجلس شــورای اســلامی و به منظور تحقق وظایف قانونی سازمان، تشکیل و فعالیت کمیســیونهای تخصصی مشورتی شورای عالی بر اساس دستور العمل زیر صورت میپذیرد:
ماده۱)تعریف :
کمیســیونهای تخصصی مشورتی شورای عالی سازمان نظام پزشکی که در این دستورالعمل به اختصار «کمیسیونها» نامیده میشوند, به منظورتامین نقطه نظرات کارشناسی در حوزه های تعریف شده تشکیل گردیده و درچارچوب قانون سازمان نظام پزشکی و مصوبات شورای عالی سازمان فعالیت مینماید.
ماده ۲)انواع کمیسیونها:
کمیســیونها در۱۵ حوزه امور آموزشــی و پژوهشــی، امورانتظامی، امور رفاهی اجتماعی و اشتغال، برنامه و بودجه و تشکیلات     تعرفه و بیمه ، مالیات و عوارض، طرحها و لوایح و آیین نامه ها، نظارت موضوع ماده ۱۵ قانون سازمان ،اخلاق پزشکی ، پزشک خانواده و نظام ارجاع ،  دارو  و تجهیزات پزشکی ، طب سنتی و مکمل ، تنظیم روابط و تعیین حدود صلاحیت حرف پزشکی ، تبلیغات ، روابط عمومی و رسانه تشکیل میشوند.
تبصره: حســب مورد براســاس درخواســت رییس کل یا هیات رئیسه شورای عالی کمیسیونهای دیگر پس از  تصویب شورایعالی قابل تشکیل است.

ماده ۳)شرح وظایف:
هر یک از کمیسیونها موظفند موضوعات ارجاعی از جانب رئیس کل  و یا شورایعالی را مورد بررسی کارشناسی قرار دهند و نظرات کارشناسی خویش را کتباً به دبیرخانه شورایعالی اعلام نمایند.
تبصره ۱: نظرات کمیسیونها صرفاً جنبه کارشناسی و مشورتی دارد.
تبصره ۲ : رؤســای هر یک از کمیسیونها میتوانند مواردی را که مطابق نظر اکثریت اعضای کمیسیون، به بررسی و اظهار نظر کارشناسی نیاز دارند به دبیرخانه شــورایعالی پیشنهاد نمایند تا در صورت تأیید، در دستور کارکمیسیون قرار گیرد.

تبصره ۳ :در موارد ضروری و به منظور تسریع در امور ، هیات رئیسه شورای عالی میتواند راساً نسبت به ارجاع موضوعات به کمیسیونها اقدام و سپس پاسخ کمیسیونها را در دستور جلسات شورای عالی قرار دهد.
تبصره ۴ :  حداکثر زمان لازم برای ارایه پاسخ مکتوب به استعلامات مربوطه یک ماه از تاریخ ارجاع به کمیسیون می باشد.
ماده ۴) ترکیب و تعداد:
در هر یک از کمیسیونها با توجه به نوع و گستره فعالیتهای آن از ۷  تا ۱۵ نفر ( اعداد فرد) عضویت دارند
تبصره۱: اعضای هر یک از کمیســیونها با معرفــی هیات رئیسه و تأییدشورای عالی و به مدت چهارسال انتخاب و حکم آنها توسط رئیس شورای عالی صادر میگردد.
تبصره ۲ : حداقل دو نفر از اعضای هر یک از کمیســیونها, از اعضای شورای عالی میباشند.

تبصره۳:  رییس کمیسیونها ازبین اعضای شورای عالی انتخاب میگردند.
تبصره ۴:هریک ازکمیسیونها جهت ثبت صورتجلسات و پیگیری مطالب لازمست ازبین اعضای خود فردی رابعنوان دبیر که ترجیحاً  از معاونین مرتبط سازمان باشد انتخاب نمایند.

تبصره ۵ : دعوت از سایر اعضای شورای عالی و یا کارشناسهایی  که عضو کمیسیون مربوطه نیستند در جلسات کمیسیونها بدون حق رأی بلامانع است

تبصره ۶ :

عضویت حداقل یک نفر از هرکدام از گروههای مصرح در ماده  4 قانون سازمان نظام پزشکی در کمیسیونهای تخصصی مشورتی آموزشی و پژوهشی ، تعرفه وبیمه ، مالیات و عوارض ، طرح ها ف لوایح و آئین نامه ها و تنظیم روابط و تعیین حدودصلاحیت شاغلین حرف پزشکی الزامی است .

ماده ۵ ) نحوه فعالیت:
الف) جلسات هر یک از کمیسیونها با حضور بیش از نیمی از اعضا رسمیت می یابد و نظرات مشورتی کمیســیونها با رأی اکثریت به امضای رییس یا نایب رییس کمیسیون پس از ثبت در دبیرخانه کمیسیونها  به دبیرخانه شواریعالی ارائه می گردد
ب) رئیس کمیسیون مسئول هماهنگی لازم جهت تشکیل و اداره جلسات می باشد و در غیاب وی مسئولیت موضوع بر عهده نایب رییس است.
ماده ۶ ) جلسات کمیسیونها در محل سازمان نظام پزشکی برگزار میشود.

ماده ۷) غیبت بیش از ۳جلسه متوالی یا ۵جلسه متناوب (در سال)موجب لغو عضویت ازکمیسیونها میشود و لازم است مراتب جهت تعیین عضوجایگزین از طریق رئیس کمیسیون به دبیرخانه  شورای عالی اعلام گردد.

ماده ۸) دبیرخانه کمیســیونها:
به منظور دریافت و توزیع صحیح موارداســتعلامی, همچنین تنظیم امور اداری هر یک از کمیسیونها, شناسایی وگردآوری منابع و مدارک و طبقه بندی و نگهداری مدارک و اسناد و پیگیری نظرات کارشناسی هر یک از کمیسیونها و ارایه گزارش فصلی از فعالیتهای

هر یک از کمیســیونها بــه شــورایعالی, دبیرخانه کمیسیونها در ذیل دبیرخانه شورای عالی سازمان نظام پزشکی تشکیل می شود.
تبصره۱ : رئیس دبیرخانه توسط هیات رئیسه انتخاب و جهت صدور حکم به رئیس کل محترم  معرفی میگردد

تبصره ۲: به منظور تقویت و تسهیل امور کمیسیون‌های تخصصی مشورتی شورای عالی، رئیس دبیرخانه کمیسیون‌های مذکور می‌تواند بدون حق رأی در جلسات کمیسیون‌ها شرکت نماید
ماده۹)  معاونت پشتیبانی سازمان مسئول پشتیبانی برگزاری جلسات کمیسیونها اعم از ایاب و ذهاب ,اسکان, پذیرایی و ….می باشد و همکاری لازم را در این خصوص با دبیر خانه کمیسیونها بعمل خواهد آورد.

این دستورالعمل  با نه ماده و دوازده تبصره در جلسه مورخ ۱۲/۲/۹۸ به تصویب شورای‌عالی نظام پزشکی رسید.

(تبصره ۲ ماده ۸ به مصوبه مورخ ۲۷/۷/۹۶  اضافه گردید.)